Cuando subimos una aplicación ASP.NET MVC a IIS 6 es muy posible que nos topemos con un error de tipo 404 si intentamos navegar por la aplicación:
Para poder solventarlo, necesitamos realizar una asignación de extensión para la aplicación (Application Extension Mapping) de la siguiente manera:
Accedemos al administrador de IIS y abrimos las propiedades de la aplicación ASP.NET MVC. Dentro de la pestaña Directorio virtual, pulsamos sobre el botón Configuración.
Pulsamos sobre el botón Insertar para asignar una extensión al directorio virtual.
Localizamos la dll aspnet_isapi.dll a través del botón Examinar, la cual está ubicada en WINDOWSMicrosoft.NETFrameworkv2.0.50727aspnet_isapi.dll
Deshabilitamos el campo “Comprobar si el archivo existe” y aceptamos.
Ahora todo debe ir sobre ruedas 
Para resolver el problema en otras versiones de IIS, podéis consultar el siguiente enlace (inglés): http://www.asp.net/learn/mvc/tutorial-08-cs.aspx
¡Saludos!
Pingback Tweets that mention Subir una aplicación ASP.NET MVC a IIS 6 | Return(GiS); -- Topsy.com
Hola!!! Quisiera saber si me puedes ayudar, ya que no encuentro algun tutorial en el que se explique como subir una aplicación ASP.NET MVC2 en IIS 7 y ademas soy principiante XD…Se muy bien que hay un sin fin de información, pero la mayoria esta en ingles y la verdad soy muy malo jejeje y con el Traductor de Google no me queda muy claro jeje ….Espero que puedas ayudarme por favor!!!!!!!!
Salu2