En algún momento puede que te encuentres ante la situación de querer eliminar una aplicación creada de tipo Native en Azure Active Directory y que veas que el botón de eliminar se encuentra deshabilitado:

Esto es debido a que las aplicaciones nativas ahora por defecto se configuran como multi-tenant y no es posible eliminarlas si está activada esta opción.

Lo único que debes hacer es modificar el manifiesto para deshabilitar la propiedad availableToOtherTenants a través del botón Manifest y poniendo a false la misma.

Una vez que guardes los cambios ya podrás eliminar tu aplicación de tu Azure Active Directory.

¡Saludos!