Pues eso 😙, estuve un buen rato intentando averiguar cómo solucionar este error que mi querido GitHub Advanced Security me estaba dando en uno de mis workflows con CodeQL:

Este se ha producido al tener configurado previamente Code scanning con CodeQL, deshabilitarlo y luego crearme un workflow en modo avanzado.
Para solucionarlo, debes ir a las Settings de tu repo y en el apartado Code security and analysis, en los tres puntos, hacer clic en la opción Switch to advanced:

Y ya está 🥳
¡Saludos!